Die Azoren könnten eine Schlüsselrolle bei den geheimen CIA-Flügen gespielt haben. Zu diesem Ergebnis kam nun das Europäische Parlament, das eine Liste von 110 verdächtigen Flügen vorgelegt hat – 12 über Lajes, 37 über Santa Maria und 61 über Ponta Delgada. Ob es sich dabei um illegale Gefangenentransporte handelte ist jedoch nicht sicher belegt. Zumindest einmal (am 31. Juli 2004) startete eine kleine Gulfstream IV von Santa Maria nach Guantanamo. Bereits am 7. November 2003 war ein Flieger aus Guantanamo auf Santa Maria gelandet.